Le golfe du Morbihan abrite un ensemble d'habitats naturels rares et menacés, notamment marins et littoraux. Plusieurs dizaines d’habitats d’intérêt européen ont été recensés et occupent de vastes surfaces.
Par ailleurs, le golfe joue également un rôle "fonctionnel", notamment en raison d'une dynamique littorale très spécifique et abrite un nombre élevé d'espèces végétales et animales.