Dans le golfe du Morbihan, outre la vaste Réserve Naturelle des marais de Séné, d'autres anciens marais salants de plus petite taille font également l'objet de mesures de protection : marais du Duer, marais de Pen en Toul, marais de Lasné, ... Chaque site fait l'objet d'une gestion et d'une réglementation particulière et les statuts fonciers et propriétaires sont divers : Espaces Naturels Sensibles du Conseil Général du Morbihan, Espaces du Conservatoire du Littoral, Site Classé, Réserve Naturelle Régionale.

Voir onglet  "La réserve du golfe du Morbihan"

Zone de Protection Spéciale (ZPS, directive Oiseaux) et Zone Spéciale de Conservation (ZSC, directive Habitats faune flore) constituent l'armature du réseau Natura 2000, un réseau de sites ayant pour vocation de préserver le patrimoine naturel à l'échelle européenne.
Dans le golfe du Morbihan, au vue de l'importance écologique majeure du site, les deux dispositifs sont mis en place et coexistent de manière imbriquée, s'articulant avec l'ensemble des autres sites protégés.

Le golfe du Morbihan, associé à la rivière de Penerf et à la rivière de Saint-Philibert, constitue un site  "Ramsar" depuis 1991.
Cette appellation de site Ramsar n'engage pas de réglementation particulière mais représente plutôt une reconnaissance internationale de l'intérêt du site comme zone humide et zone d'accueil des oiseaux d'eau de première importance.
Un site Ramsar doit répondre à des critères basés notamment sur les effectifs d'oiseaux présents sur le site, critères largement atteints dans le golfe du Morbihan.

La Loutre d’Europe fait partie des espèces les plus emblématiques en France. Dans le territoire du golfe du Morbihan, elle apparaît comme rare et localisée et les données récentes sont peu nombreuses (rivière de Noyalo surtout). Elle est plus abondante en amont du golfe, sur des bassins comme celui du Loc'h par exemple.

Les marais endigués du golfe du Morbihan s’étendent sur plus d’un millier d’hectares, constituant l’un des grands ensemble de marais du littoral atlantique français.
Au delà d’un aspect paysager et historique, ces anciens marais salants et étangs à marée constituent une composante majeure du patrimoine biologique du golfe du Morbihan, notamment pour la flore et la végétation, les oiseaux d’eau, ou le fonctionnement de l’écosystème.

Les zostères, marines et naines, sont des plantes marines, et non des algues, qui se développent sur les zones de vasières des côtes de la Manche et de l'Atlantique. Ces plantes jouent des rôles divers et essentiels pour le milieu côtier : dynamique sédimentaire, zones de nourrissage et de développement de nombreux organismes, etc. Elles constituent une ressource alimentaire de première importance pour les oiseaux migrateurs et hivernants.
Par la superficie qu'ils occupent, les herbiers de zostères du golfe du Morbihan sont les plus importants de Bretagne et les deuxième en France après le bassin d'Arcachon. Leur préservation constitue un enjeu fort.

Par sa situation géographique le long du littoral atlantique français et en raison d'une diversité élevée de milieux humides, le golfe du Morbihan représente l'un des 20 sites majeurs pour les oiseaux d'eau en France.
Il joue surtout un rôle d'importance internationale pour les espèces migratrices et hivernantes (bernache cravant, canards divers, limicoles), et accueille également un certain nombre d'espèces nicheuses.

L'eau dans le golfe du Morbihan est un élément fondamental. Elle joue un rôle essentiel pour le milieu naturel et son attractivité pour la faune et la flore, mais également pour les activités humaines et précisément pour l'ostréiculture. Tous sont tributaires d'une bonne qualité de l'eau qui dépend de différents facteurs : le renouvellement, les caractéristiques et les usages sur le bassin versant, la nature chimique (salinité par exemple), etc.

Les courants de marée constituent les agents morphodynamiques fondamentaux participant de manière importante à la mise en place du matériel sédimentaire.  Le cycle de marée est décalé en fonction des caractéristiques bathymétriques et courantologiques qui ont lieu dans le golfe du Morbihan et de la distance des ces zones au goulet de Port-Navalo. Ainsi, on constate un retard maximal de 2 heures et perte d’amplitude de 50 % entre l’entrée et le fond du Golfe.