La quasi-totalité du Domaine Public Maritime du golfe du Morbihan est en réserve de chasse (RNCFS), excluant toutes activités cynégétiques sur le site. Quelques portions de DPM sont chassés : entre Le Hézo et Le Passage, Boëde, Arzon, estran de l'Ile aux Moines et de l'Ile d'Arz.

Les oiseaux désignés par le terme de limicoles sont de petits échassiers appartenant à l'ordre des Charadriiformes : échasses, avocettes, œdicnèmes, vanneaux, pluviers, bécasses et bécassines, barges, courlis, chevaliers, bécasseaux, etc. On les surnomme parfois "petits échassiers de rivage" en raison de leur allure et des milieux qu'ils fréquentent.
Dans le golfe du Morbihan, ils représentent, avec les anatidés, le groupe le plus représenté numériquement et le site joue un rôle d'importance internationale pour plusieurs espèces.

Muni au minimum d'une paire de jumelle, le golfe du Morbihan se prête assez facilement à l'observation ornithologique.
Il est possible d'observer des oiseaux dans l'ensemble du site, bien que certains secteurs s'y prêtent mieux. Les espaces protégés proposent souvent des aménagements permettant  une observation aisée et discrète des oiseaux (observatoires, palissades d'observation, sentier). D'autres sites publics, non aménagés, offrent aussi des points de vue intéressants et permettent d'observer diverses espèces. Dans tous les cas, pour profiter durablement de ce spectacle, il est essentiel de respecter au maximum la tranquillité des oiseaux.

La circulation dans les espaces naturels avec des engins motorisés est strictement réglementée. Les plages, dunes ou abords de vasières sont des espaces naturels et la circulation y est donc le plus souvent interdite. La dégradation et le dérangement occasionnés par ces véhicules sur l'estran ou sur les milieux littoraux est une réalité et un véritable problème. Dans le golfe du Morbihan, ces pratiques restent  peu fréquentent et localisées.

La pêche à pied de loisir constitue une pratique traditionnelle dans le golfe du Morbihan, ainsi qu'une attraction ludique pour les touristes. Cependant elle est soumise à une réglementation précise : saisons, tailles, espèces collectées, zones géographique, techniques de pêche, quantités prélevées .... Il est notamment  interdit de pêcher à l'intérieur des concessions ostréicoles.
Dans le golfe du Morbihan et sa périphérie, les secteurs de pêche à pied sont relativement fréquentés (Tascon, Locmariaquer). Si la réglementation n'est pas respectée, l'impact sur l'environnement et sur la ressource est loin d'être négligeable.

La zone de tranquillité pour les oiseaux du golfe du Morbihan a été créée en 2002 sur le Domaine Public Maritime. Elle consiste en une interdiction d’accès temporaire sur l'estran (1er octobre au 31 janvier). Elle se justifie par la présence très importante  sur ces secteurs de regroupements d’oiseaux en migration et en hivernage qui viennent s’alimenter sur les herbiers de zostère naine (habitats d’intérêts communautaire).

Le golfe du Morbihan, associé à la rivière de Penerf et à la rivière de Saint-Philibert, constitue un site  "Ramsar" depuis 1991.
Cette appellation de site Ramsar n'engage pas de réglementation particulière mais représente plutôt une reconnaissance internationale de l'intérêt du site comme zone humide et zone d'accueil des oiseaux d'eau de première importance.
Un site Ramsar doit répondre à des critères basés notamment sur les effectifs d'oiseaux présents sur le site, critères largement atteints dans le golfe du Morbihan.

Les zostères, marines et naines, sont des plantes marines, et non des algues, qui se développent sur les zones de vasières des côtes de la Manche et de l'Atlantique. Ces plantes jouent des rôles divers et essentiels pour le milieu côtier : dynamique sédimentaire, zones de nourrissage et de développement de nombreux organismes, etc. Elles constituent une ressource alimentaire de première importance pour les oiseaux migrateurs et hivernants.
Par la superficie qu'ils occupent, les herbiers de zostères du golfe du Morbihan sont les plus importants de Bretagne et les deuxième en France après le bassin d'Arcachon. Leur préservation constitue un enjeu fort.

Par sa situation géographique le long du littoral atlantique français et en raison d'une diversité élevée de milieux humides, le golfe du Morbihan représente l'un des 20 sites majeurs pour les oiseaux d'eau en France.
Il joue surtout un rôle d'importance internationale pour les espèces migratrices et hivernantes (bernache cravant, canards divers, limicoles), et accueille également un certain nombre d'espèces nicheuses.

Le golfe du Morbihan abrite un ensemble d'habitats naturels rares et menacés, notamment marins et littoraux. Plusieurs dizaines d’habitats d’intérêt européen ont été recensés et occupent de vastes surfaces.
Par ailleurs, le golfe joue également un rôle "fonctionnel", notamment en raison d'une dynamique littorale très spécifique et abrite un nombre élevé d'espèces végétales et animales.